武蔵越生高校の進学実績は、生徒個々の適性に応じた進路実現力の高さに定評があります。近年の卒業生進路状況を見ると、S特進コースを中心に国公立大学やGMARCH（学習院・明治・青山学院・立教・中央・法政）、日東駒専（日本・東洋・駒澤・専修）への合格者が着実に輩出されています。
進学実績を支える独自の強みとして、豊富な指定校推薦枠の存在は見逃せません。長年にわたる教育実績と信頼関係から、首都圏を中心とする多数の私立大学から指定校推薦枠が割り振られています。一般選抜に特化するS特進とは対照的に、進学コースや選抜コースでは定期試験や校内活動で高い評定平均（内申点）を維持し、年内に推薦入試で志望校の合格を勝ち取るルートが確立されています。
また、進路指導においては外部予備校講師を招いた校内講座や放課後のオンライン学習ツールの導入など、公立高校にはない私立ならではの手厚いバックアップ体制が敷かれています。「塾に通わずに学校の指導だけで第一志望に合格できた」という卒業生の声も多く、教育コストパフォーマンスの観点からも支持されています。
