高度な専門医療を必要とする患児へ迅速に対応するため、受診システムには明確なルールが定められている。初診の際は、原則として地域の医療機関（かかりつけ医）からの紹介状（診療情報提供書）が欠かせない。
紹介状なしで直接受診しようとした場合、原則として予約が取れないばかりか、厚生労働省が定める定額負担制度に基づき、通常の診療費とは別に高額な選定療養費が発生する。スムーズな受診を実現するためには、まず身近な小児科医の診察を受け、病院間の連携ルートを通じて予約枠を確保してもらうプロセスが最も確実だ。
予約確定後は、受診日までにWeb問診を済ませておくことが推奨されている。事前の情報入力によって当日の受付作業が簡略化され、医療スタッフ側も患者の病状をあらかじめ把握した状態で準備を整えることができる。
