現在、阿蘇くまもと空港を利用する上で最も注意を払うべきは「空港までのアクセス時間」です。世界的な半導体関連企業の集積に伴い、熊本市内から大津・菊陽方面へと伸びる主要幹線道路（県道36号など）では、平日の朝夕を中心に慢性的な渋滞が発生しています。
熊本桜町バスターミナルやJR熊本駅と空港を結ぶリムジンバスは高頻度で運行されていますが、ピーク時間帯にはダイヤより20〜35分程度到着が遅延するケースが日常化しています。「フライトの45分前に空港に到着するバスに乗る」といった旧来の感覚で移動を計画すると、チェックインや手荷物預け入れの締切に間に合わない重大なトラブルに直結しかねません。
自家用車やレンタカーを利用する場合、P1からP3まで合計約2,400台の大型立体・平面駐車場が整備されており、収容力そのものは大幅に向上しました。しかし、週末や大型連休には満車に近付くため、公式ウェブサイトから利用できる駐車場事前予約サービスの活用が鉄則です。また、JR豊肥本線の肥後大津駅から運行されている無料の「空港ライナー（乗合タクシー・小型バス）」を利用し、鉄道アクセスと組み合わせるルートは、道路渋滞を回避する極めて有効な裏ワザとして定着しています。
