現場で最もトラブルが多発しているのが、ポケモンセンターナゴヤの整理券システムと事前予約の取り扱いを巡る認識の齟齬です。現在は紙の整理券配布から、スマートフォンを活用したデジタル発券へと全面的に移行しています。
混雑が予想される週末の一般営業では、店頭付近に掲示されるQRコードを読み込み、LINE公式ミニアプリ経由でデジタル入場整理券を取得するフローが主流です。位置情報（GPS認証）を利用した発券システムが採用されているため、自宅や移動中の電車内から事前に取得することは原則としてできません。名古屋PARCO東館の指定エリアに到着して初めて発券画面へのアクセスが可能になります。
また、周年記念イベントや超人気限定アイテムの発売時には、事前に「ポケモン特設抽選サイト」を通じた完全事前予約制（抽選）が敷かれます。この事前抽選に当選していない場合、当日どれほど早く並んでも入店は不可能です。公式ニュースやスタッフボイスで「事前予約必須日」に該当していないかを事前に照会しておくことが、無駄足を防ぐための絶対条件と言えます。
