ファンの間で長年囁かれてきた「アシタカとサンはやったのか」という疑問に対する結論から言えば、公式設定として二人は男女の関係を結んでいます。これはファンの勝手な妄想や都市伝説ではなく、メガホンを取った宮崎駿監督自身の証言に基づいています。
映画公開当時の公式インタビュー集および関連資料において、宮崎監督は二人の結末とその後の関係について問われた際、「二人はあの後、肉体関係を持ったんですよ」とハッキリと語っています。監督の構想において、二人が過酷な自然と人間の闘争を生き抜く過程で、精神的な共鳴にとどまらず、生物学的な意味でも完全に結ばれることは必然の展開でした。
ジブリ作品としては極めて踏み込んだ描写ですが、宮崎監督は『もののけ姫』を「綺麗事ではない、生きることの本質を描く作品」と位置づけていました。性愛をタブー視せず、生と死が隣り合わせの世界で人間が惹かれ合う本能をリアルに描き切った結果が、この公式発言に集約されています。