FGOのメインシナリオは、単なるステージ攻略の連続ではなく、主人公（プレイヤー）とマシュ・キリエライトが歩んだ時間の蓄積そのものです。まずは、ゲーム内に実装されているストーリー全体の構造を時系列順に整理します。
全体の潮流は大きく4つのフェーズに分かれています。西暦2015年から2016年の人類史焼却を食い止める「第1部（Observer on Timeless Temple）」、特異点修復後に生じた4つの亜種特異点を巡る「第1.5部（Epic of Remnant）」、地球白紙化という絶望から始まる「第2部（Cosmos in the Lostbelt）」、そして白紙化地球から自らの資格を問う旅へと続く「オーディール・コール（奏章）」です。
現在プレイ可能なメインストーリーの一覧は以下の通りです。
- 【第1部】Observer on Timeless Temple
- 特異点F：炎上汚染都市 冬木
- 第一特異点：邪竜百年戦争 オルレアン
- 第二特異点：永続狂気帝国 セプテム
- 第三特異点：封鎖終局四海 オケアノス
- 第四特異点：死界魔霧都市 ロンドン
- 第五特異点：北米神話大戦 イ・プルーリバス・ウナム
- 第六特異点：神聖円卓領域 キャメロット
- 第七特異点：絶対魔獣戦線 バビロニア
- 終局特異点：冠位時間神殿 ソロモン
- 【第1.5部】Epic of Remnant
- Ⅰ：悪性隔絶魔境 新宿（新宿幻霊事件）
- Ⅱ：伝承地底世界 アガルタ（アガルタの女）
- Ⅲ：屍山血河舞台 下総国（英霊剣豪七番勝負）
- Ⅳ：異端なるセイレム（禁忌降臨庭園 セイレム）
- 番外（メイン・インタールード）：深海電脳楽土 SE.RA.PH
- 【第2部】Cosmos in the Lostbelt
- 第2部プロローグ：序／2017年 12月26日
- Lostbelt No.1：永久凍土帝国 アナスタシア
- Lostbelt No.2：無間氷焔世紀 ゲッテルデメルング
- Lostbelt No.3：人智統合真国 シン
- Lostbelt No.4：創世滅亡輪廻 ユガ・クシェートラ
- Lostbelt No.5（前編）：神代巨神海洋 アトランティス
- Lostbelt No.5（後編）：星間都市山脈 オリュンポス
- Lostbelt No.5.5：地獄界曼荼羅 平安京
- Lostbelt No.6：妖精円卓領域 アヴァロン・ル・フェ
- 非霊長生存圏：ツングースカ・サンクチュアリ（メイン・インタールード）
- 死想顕現界域：トラオム（第6.5章）
- Lostbelt No.7：黄金樹海紀行 ナウイ・ミクトラン
- 【最新章】オーディール・コール（Ordeal Call）
- 奏章Ⅰ：虚数羅針内界 ペーパームーン（アルターエゴ）
- 奏章Ⅱ：不可逆廃棄孔 イド（アヴェンジャー）
- 奏章Ⅲ：新霊長後継戦 アーキタイプ・インセプション（ムーンキャンサー）
- 奏章Ⅳ：以降の激変する試練の数々
システム上、第1部終章をクリアした時点で第2部プロローグへの挑戦権が即座に解放されるため、多くのプレイヤーが「1.5部を今やるべきか、それとも2部へ直行すべきか」という選択を突きつけられることになります。
