モリソン号への砲撃を知った開明的な知識人たちは、幕府の愚策に強い危機感を抱きます。海外情勢に通じていた蘭学者グループ「尚歯会（しょうしかい）」の中心人物である渡辺崋山と高野長英は、幕府の無知と無謀な対応を批判する著作を著しました。
渡辺崋山は『慎機論（しんきろん）』において、日本の海防の甘さと欧米列強の実力を冷静に対比させ、国際情勢を直視すべきだと説きました。また高野長英は『戊戌夢物語（ぼじゅつゆめものがたり）』でモリソン号来航の真意を明かし、人道的な善意を武力で拒絶した幕府の暴挙を批判しました。
しかし、幕府は彼らの提言を受け入れるどころか、天保10年（1839年）に「蛮社の獄」と呼ばれる過酷な言論弾圧を断行します。崋山は国元での蟄居を命じられのちに自刃、長英は投獄ののち脱獄して非業の死を遂げました。開国派の知性を力づくで封じ込めたことは、幕府の外交判断をさらに遅らせる要因となりました。
