磯田氏は現在、京都府京都市西京区にある国際日本文化研究センター（日文研）の教授を務めており、生活の拠点も京都に置いています。歴史の息吹が色濃く残る京都の地は、磯田氏にとってまさに理想的な研究環境です。
しかし、その自宅生活は一般的な家庭とは一線を画しています。自宅内には全国から収集した古文書、古地図、専門書が所狭しと並び、まるで私設図書館や史料館のような状態です。過去のエピソードでは、貴重な古文書を見つけると家計の予算を顧みずに購入してしまいそうになる磯田氏に対し、妻が冷静にブレーキをかけつつも、最終的にはその学術的価値を理解して保管を許容するという微笑ましいやり取りも語られています。奇想天外な研究者の奇行を笑って受け流す妻の器の大きさが、磯田氏の独創的な研究成果を生み出す土台となっています。
