祈りの丘絵本美術館の館内は、フロアごとに明確な役割が与えられており、それぞれの空間で見応えのある体験が用意されています。
1階：日本屈指の選書眼が光る「こどもの本の店」
エントランスをくぐると広がる1階は、誰でも無料で立ち寄れる絵本専門店フロアです。床から天井近くまで整然と並ぶ約1万冊の書籍は圧巻のひと言。ロングセラーの名作から世界各国の翻訳絵本、子育てに役立つ育児書や児童文学まで、徹底して質にこだわったラインナップが揃っています。長崎県内はもちろん、全国から「ここだけの本選び」を目的に訪れるファンが後を絶ちません。ポストカードやポスター、絵本の主人公をモチーフにした上質な輸入雑貨など、大人向けのセンスの良いギフトアイテムも充実しています。
2階・3階：息をのむ美しさに浸る「美術館展示室」と企画原画展
階段を上がった有料エリア（2階・3階）では、国内外の著名な絵本作家による貴重な原画展が定期的に開催されています。印刷された絵本では味わえない、作家の細やかな筆遣い、水彩や油彩の立体的な重なり、紙の余白が醸し出す息づかいを間近で鑑賞できます。フロア内にはゆったりと腰掛けて絵本を読める読書コーナーも設置されており、展示された原画の書籍版をその場で手に取り、物語の深層へと沈潜する贅沢な時間を過ごせます。
