救急医療と並ぶ同院の柱が、難度の高い専門医療領域だ。国から指定を受けるがん診療連携拠点病院として、高精度放射線治療やがんゲノム医療の臨床応用を積極的に推進している。キャンサーボードと呼ばれる多職種検討会では、個々の患者の遺伝子情報や生活背景に合わせた最適な治療方針が議論され、オーダーメイドの集学的治療が実践されている。
母子双方の危機に立ち向かう総合周産期母子医療センターの存在感も際立つ。ハイリスク妊娠や極低出生体重児の集中管理を担う母体・胎児集中治療室（MFICU）および新生児集中治療室（NICU）を備え、県内の周産期医療ネットワークの要として機能する。予期せぬ母体急変に対しても、麻酔科や輸血部門と瞬時に連携できる強固なバックアップ体制が敷かれている。
地域最高峰の学術・臨床機関である富山大学附属病院との連携も極めて緊密だ。両院は競合するのではなく、症例や専門分野に応じた機能分担を進めており、難治性疾患の共同研究や若手医師の相互ローテーション研修を通じて、県全体の医療水準を底上げする強力なツートップを形成している。
