大規模地震や激甚化する風水害への備えも、同院が果たすべき決定的な役割の一つだ。滋賀県災害拠点病院として指定されている同院は、災害派遣医療チーム(DMAT)の編成や、広域搬送訓練の中心的存在であり続けている。
近年では、琵琶湖周辺の地形的リスクを念頭に置いた水陸両用の救護体制や、非常用電源・給水インフラの二重化を完了。大規模停電や物流分断が発生した状況下でも、最低1週間は病院機能を完全維持できる態勢を整えた。いつ起きるかわからない未曾有の災禍に対し、地域最後の砦として静かに牙を研ぐ姿勢に妥協はない。