藤井寺高校の進路実績における最大の特色は、四天王寺大学をはじめとする近隣私立大学との高大連携事業です。大学の講義を先行体験できるプログラムや出張授業が組まれており、早い段階から高等教育への関心を高める仕掛けが用意されています。
4年制大学への合格実績としては、摂神追桃（摂南大学・神戸学院大学・追手門学院大学・桃山学院大学）や阪南大学、大阪産業大学、大阪商業大学などの関西圏中堅私立大学が中心です。一般選抜のみならず、指定校推薦や公募制推薦、総合型選抜を有効に活用して合格を勝ち取る生徒が多い傾向にあります。
また、看護・医療系や保育、調理・美容、情報系の専門学校への進路サポートも手厚く、就職希望者にはハローワークや地元企業と連携した手厚い面接・履歴書指導が行われています。希望者を対象とした海外研修旅行など国際理解教育にも力を入れており、多角的な視野を育む環境が整えられています。
