結論から申し上げますと、山本五十六元帥は靖国神社に正式に合祀されています。合祀された時期は、戦死した約半年後である1943年（昭和18年）10月の臨時大祭です。
靖国神社は、明治維新以降の対外戦争や事変において「国家のために殉じた軍人・軍属等」を英霊として神霊を祀る招魂社をルーツとしています。山本五十六は、第27代連合艦隊司令長官という軍の最高幹部でありながら、前線視察中に敵機に襲撃されて命を落としました。国家の公務執行中に敵の攻撃を受けて戦死した事実があるため、当時の靖国神社合祀基準に完全に合致しており、何ら特例ではなく正規の手続きとして合祀が執り行われました。
当時の大本営発表や新聞各紙の報道でも、山本元帥の英霊が靖国神社に鎮座したニュースは国民へ大々的に伝えられ、戦時下の日本国民にとって象徴的な精神的支柱と位置づけられました。
