長期保存を成功させる第一歩は、容器選びと下処理にある。プラスチック容器は表面に微細な傷がつきやすく、雑菌が繁殖するリスクが高いため避けるべきだ。推奨されるのは、熱湯処理に耐えられる耐熱性の「ガラス保存瓶」である。ガラス製は匂い移りや酸による腐食がなく、密閉性にも優れている。
保存瓶の「煮沸消毒」は決して省略してはならない作業だ。鍋に水と瓶を入れ、沸騰してから5分以上加熱する。取り出した後は清潔なキッチンペーパーの上に逆さに置き、自然乾燥させる。布巾で拭くと繊維や雑菌が付着する恐れがあるため注意が必要だ。レモン自体も表面のワックスを落とすため塩で揉み洗いし、完全に水分を拭き取ることが、雑菌の繁殖を防ぎ、カビの発生を劇的に抑えるポイントとなる。