六三除けはすべての神社仏閣で行われているわけではありません。主に不動明王を本尊とする真言宗や天台宗の密教寺院、あるいは特定の稲荷神社などで専門的な祈祷が執り行われています。
代表的な寺社としては、関東では川崎大師（平間寺）や穴守稲荷神社、関西では各地の不動尊霊場などが知られています。参拝する際は、以下の点に留意しておくとスムーズです。
・事前の確認と予約：六三除けは専用の祈願札や個別祈祷を伴うことが多いため、公式サイト等で受付状況を事前に確認することが推奨されます。
・初穂料・祈祷料の相場：お札の大きさや祈祷内容により異なりますが、概ね5,000円、7,000円、10,000円程度が標準的です。
・遠方対応（郵送祈祷）：体調不良で直接参拝できない方のために、2026年現在はオンライン申込みや郵送によるお札の授与を受け付ける寺社も定着しています。
