別府医療センターを利用する上で、交通手段と施設サービスの事前把握はスムーズな来院に不可欠です。
公共交通機関でのアクセスは、JR別府駅や亀川駅から運行されている「亀の井バス」「大分交通バス」が便利です。「別府医療センター前」バス停が設置されており、病院正面玄関の至近まで直接移動が可能です。高齢者や足腰の不自由な方でも通院しやすいインフラが整っています。
自家用車で来院する場合、敷地内に広大な専用駐車場が完備されています。外来受診者や入退院手続きの付き添い者は、院内の割引認証機に駐車券を通すことで低廉な割引料金（または一定時間無料）が適用されます。認証を通さずに一般利用扱いで出庫すると通常料金が課されるため、受診後の会計時に駐車券の処理を忘れないよう注意が必要です。
さらに、予防医療を担う「人間ドック・健康診断」の受診窓口も充実しています。標準的な日帰り人間ドックに加え、胃カメラ・大腸カメラ検査、頭部MRI/MRAによる脳ドック、胸部CTによる肺がん検診など、大学病院・専門病院レベルの高度医療機器を用いた精密健診を受けることが可能です。万が一異常が発見された場合でも、院内の専門診療科へシームレスに精密検査・治療へ移行できる点が、独立型健診クリニックにはない大きなメリットです。
