皮膚の色は、表皮の基底層に存在する「メラノサイト（メラニン形成細胞）」が生成するメラニン色素によって保たれています。尋常性白斑の本質は、何らかの要因によってこのメラノサイトが破壊されるか、あるいはメラニンを生成する機能を完全に停止してしまうことにあります。その結果、該当部分の皮膚から色素が失われ、完全な白色の斑点（脱色素斑）が形成されます。
発症のメカニズムには複数の説が存在しますが、現在最も有力視されているのが「自己免疫異常説」です。本来であればウイルスや細菌などの異物を攻撃・排除するはずの免疫システム（特にCD8陽性細胞傷害性T細胞）が、何らかのエラーを起こして自分自身のメラノサイトを「攻撃対象」と誤認し、特異的に破壊してしまう現象です。この裏付けとして、尋常性白斑の患者では橋本病やバセドウ病といった自己免疫性甲状腺疾患や、円形脱毛症、1型糖尿病などの他の自己免疫疾患を併発する割合が統計的に有意に高いことが臨床データから報告されています。
さらに、発症や病勢悪化の強力な誘因として見逃せないのが「過度な精神的ストレス」と「自律神経・酸化ストレスの乱れ」です。強いプレッシャーや睡眠不足が続くと、神経伝達物質や活性酸素が過剰に産生され、メラノサイトを保護する防御機構が破綻しやすくなります。患者の臨床記録や手記においても、「生活環境が激変した時期」「強い精神的ショックを受けた直後」に白斑が急速に拡大したと語るケースは極めて多く、心身の負荷が免疫系を刺激して病勢を加速させるトリガーになっていると考えられています。
