在家法華経運動の歴史において、避けて通れないのが霊友会（れいゆうかい）との関係性です。立正佼成会や孝道教団と同様に、佛所護念会教団もまた霊友会を母体として誕生した分派教団の一つです。
先祖供養の重視や法華経の曼荼羅を本尊とする点など、根本的な教義には共通項が多く見られます。両者の決定的な違いは組織運営の形態と指導方針に表れています。
佛所護念会教団は、分派独立の過程で創設者・関口嘉一のカリスマ性と夫婦一丸の指導体制を前面に押し出しました。霊友会が青年育成や独自の国際活動、インナーマリッジ（信者同士の結婚）などを推進したのに対し、佛所護念会教団はより伝統的な家族観や道徳規範、皇室への尊崇といった保守的な価値観を色濃く反映させています。儀礼の形式やお経の読み方、指導体系の細部において独自の手法を確立しており、信徒の連帯感の強さにも差が生じています。
