最大多数の最大幸福という概念に対しては、長年にわたり「全体の利益のために少数派の権利が不当に犠牲にされるのではないか」という強い批判が寄せられてきました。
例えば、99人の利益のために1人を不当に拘束することが「全体の幸福量」を高めるならば正当化されてしまうのではないか、という懸念です。哲学者のジョン・ロールズをはじめとする権利基盤の倫理学者たちは、個人の不可侵な人権を功利計算によって侵害しうる点を最大の欠陥として指摘しました。
しかし、現代の功利主義理論では、個々の行為ごとに計算を行う「行為功利主義」だけでなく、「社会全体の幸福を長期的に最大化する一般的なルール（法や基本的人権の尊重）」を遵守する「ルール功利主義」が重視されています。無秩序に少数派を犠牲にする社会は、市民全員に「次は自分が標的になるかもしれない」という強い不安と苦痛（マイナスの効用）を恒常的に生み出します。したがって、基本的人権や手続きの公正さを強固に保護すること自体が、長期的には社会全体の幸福総量を最大化するための最も合理的な手段となります。
