私立高校への進学で避けて通れないのが費用の問題です。京都精華高校における年間の学費や納付金の構成は以下の通りです。
初年度納付金の総額は概ね80万円〜95万円程度（入学金約20万円、年間授業料約55万〜60万円、施設費・諸会費など）が目安となります。美術科の場合は専門画材や特別実習費が加算され、スポーツ系で入寮する場合は寮費（食費込みで月額7万〜10万円前後）や遠征費が別途必要となります。
ただし、国の「高等学校等就学支援金」および京都府独自の「私立高校生等授業料軽減補助金」の拡充により、世帯年収に応じた手厚い学費減免措置が適用されます。実質的な授業料負担が大幅に軽減される家庭も多く、入学前のマネープラン作成時には必ず自治体の最新補助金シミュレーションを活用することが推奨されます。
