バス利用時に最も重要なのが、最新のダイヤ確認と当日の運行状況把握です。みなと観光バスでは、公式サイト上で系統別の最新時刻表がPDFおよびWEB検索形式で公開されています。
平日朝夕の通勤ラッシュ時間帯と土日祝日の日中では、運行本数や経由地が大きく変動します。特に六甲アイランド線は、朝のJR住吉駅方面および夕方のアイランド方面で高頻度運行が組まれていますが、道路混雑の影響を受けやすい国道2号線・43号線周辺の交差点では数分の遅れが生じるケースも見られます。
また、淡路島方面へ向かう高速バス路線については、阪神高速3号神戸線や神戸淡路鳴門自動車道の渋滞、明石海峡大橋の強風規制によって大幅なダイヤ乱れや運休が発生することがあります。荒天時や大型連休中は、公式サイトの「運行状況・お知らせ」ページや公式SNSで直近の運行可否をチェックしてから移動を開始するのが鉄則です。