伊吹山ドライブウェイの利用にあたって把握しておきたいのが、車種別の往復通行料金設定です。標高1,260mの山頂駐車場までの私道有料道路であるため、一般的な高速道路と比べて割高に感じられることもありますが、往復料金かつ山頂駐車料金が含まれている点を考慮する必要があります。
少しでもコストを抑えたい場合、公式ホームページで配布されている「WEB限定割引クーポン」(スマートフォン画面提示または印刷持参)を利用することで、通行料金が割引(通常200円〜300円引き)になります。また、JAF会員優待割引や周辺観光施設との提携割引券も存在するため、料金所ゲート進入前にあらかじめ準備しておくことを強くおすすめします。