イラストレーターやタレントとしての顔を持つ一方で、さかなクンは東京海洋大学の客員教授として本格的な水産学の研究に従事している。彼の研究室や現地フィールドワークでは、カブトガニをはじめとする希少な海洋生物の生態解析が進められてきた。
近年では、ドローンを用いた干潟の地形データ解析や環境DNAを用いた生息域のリアルタイム調査など、最先端テクノロジーと野生生物観察を融合させた新しい保全アプローチが導入されている。「研究室のデータだけでなく、実際に現場の海に入って生き物の息遣いを感じることが何より大切」という彼の哲学は、若手研究者や学生たちにも大きな刺激を与え続けている。