充実した設備を誇るつくば温泉喜楽里別邸ですが、初訪問者が誤解しやすいポイントや、事前に知っておくべき盲点も存在します。
第一に注意すべきは、つくば温泉喜楽里別邸のアクセスと駐車場の動線です。自動車を利用する場合、首都圏中央連絡自動車道（圏央道）の「つくば中央IC」から車で約5分という好立地にあり、約200台収容可能な無料駐車場が完備されています。しかし、週末の14時前後は入場待ちが発生することがあり、施設手前の道路が一時的に混雑する場面も見られます。公共交通機関を利用する場合は、つくばエクスプレス（TX）の研究学園駅または万博記念公園駅からタクシーや路線バスの利用となりますが、運行本数には限りがあるため、時刻表の事前確認が欠かせません。
第二の盲点は、館内にあるつくば温泉喜楽里別邸のお食事処「風拝亭（ふうはいてい）」の利用タイミングです。風拝亭は、地元茨城県産の旬の食材や常陸秋そば、ボリューム感のある御膳料理など、一般的なスーパー銭湯のクオリティを優に超える本格的な料理を提供しています。しかし、週末のピーク時間帯（12:00〜13:30、18:00〜19:30）には長時間の席待ちが発生します。入浴の合間にスムーズに食事を済ませるためには、ピーク時間帯を30分から1時間ほど前後にずらして利用するのが、現場を熟知した通の選択です。
また、ネット上の一部で「宿泊施設が併設されているのでは」という誤った推測が見受けられますが、同館は完全な日帰り専用温浴施設です。深夜営業は行っておらず、朝から夜までの時間帯で完結する施設である点も留意しておく必要があります。
