制度を利用する上で多くの人が混同しやすいのが、「確定申告」と「ワンストップ特例」による控除ルートの違いです。どちらを利用しても最終的な控除トータル額（自己負担2,000円を除いた額）は基本的に同じですが、戻り方が異なります。
【ワンストップ特例の場合】
所得税からの還付は行われず、所得税控除相当分も含めた全額が「翌年度の住民税からまとめて控除（申告特例控除）」されます。そのため、口座への現金振込はなく、住民税決定通知書の控除額を見るだけで満額が引かれていることが確認できます。
【確定申告の場合】
控除額が「所得税」と「住民税」に分割されます。寄附金の一部は当年度の所得税から還付され、申告後およそ1〜2ヶ月程度で指定した銀行口座へ「還付金」として振り込まれます。そして残りの金額が翌年度の住民税から差し引かれます。したがって、確定申告をした人は住民税決定通知書上の控除額だけを見ても「寄附額 − 2,000円」にはならず、所得税の還付申告額と合算して初めて整合性が取れます。
