ファンが最も落胆したポイントのひとつが、追加要素の完全排除です。過去の移植版であるGBA版や旧スマホ版をやり込んだプレイヤーほど、この仕様に対して複雑な感情を抱く結果となりました。
ピクセルリマスターシリーズ全体のコンセプトは、あくまで「SFC（オリジナル）版の原点回帰」です。そのため、GBA版で追加された魅力的な要素はすべて未収録となっています。
具体的には以下の要素がピクセルリマスター版には含まれていません。
・追加ジョブ（剣闘士、砲撃士、予言士、ネクロマンサー）
・隠しダンジョン（封印の神殿）および追加裏ボス（エヌオーなど）
・追加アビリティや限定装備品
GBA版の追加ジョブを駆使した極限のやり込みを期待していた層にとっては、「ボリュームダウンした劣化移植」と映ってしまったことが、「ひどい」という評判に直結したと言えます。
