外来を受診する際の時間管理と予約システムは、受診当日の負担を大きく左右します。基本的な外来スケジュールと予約ルールは以下の通りです。
平日の外来受付時間は午前8時00分から午前11時00分までとなっており、土曜日・日曜日・祝日および年末年始（12月29日〜1月3日）は休診です。
初診の予約方法については、患者個人が電話で直接初診日時を予約する形式ではなく、「かかりつけ医療機関からの事前予約（紹介予約）」が基本ルートです。かかりつけ医を通じて市立函館病院の地域医療連携課へ事前予約を入れてもらうことで、当日の診療受付がスムーズに進み、待ち時間を最小限に抑えられます。
紹介状を持って直接来院する場合は、正面玄関を入ってすぐの初診受付窓口で手続きを行います。なお、院内の診療科一覧には、総合診療科、循環器内科、消化器内科、呼吸器内科、脳神経内科、血液内科、小児科、外科、心臓血管外科、脳神経外科、整形外科、産婦人科、眼科、耳鼻咽喉科、皮膚科、泌尿器科など全30以上の専門科が網羅されていますが、一部の診療科では「完全紹介予約制」をとっている場合があるため、事前のかかりつけ医への相談や公式情報の確認が欠かせません。
