一方、新宿駅東南口の階段を降りてすぐの場所に位置するドン・キホーテ新宿東南口店は、都市生活者や移動中のトラベラーにとっての「超高機能コンビニエンス・ディスカウンター」としての性格を強く帯びています。
東南口店が支持される最大の理由は、新宿駅改札および「バスタ新宿」からの驚異的なアクセスの良さです。深夜バスへの乗車前や、終電間際に日用品・充電ケーブル・トラベルセットを調達したい場面で、歌舞伎町店まで歩くことなく瞬時に買い物を完結できます。
フロアは縦長構造で、売れ筋のコスメ、コンタクトレンズ関連、ヘアケア、トレンド食品、モバイル周辺機器を各階に凝縮配置。歌舞伎町店のような大型バラエティグッズや巨大ディスプレイの過剰感は抑えられており、「目的のアイテムを素早く見つけてレジを通過できる」というタイパ（タイムパフォーマンス）の高さが光ります。
