ネット検索で「イヌリン 危険性」といった不穏なキーワードが散見される最大の原因は、摂取直後に現れやすい「腹部膨満感（ガスの発生）」「頻繁なおなら」「下痢・腹痛」という身体の反応にあります。しかし、これは化学薬品による毒性やアレルギー反応ではなく、腸内細菌の活発な生命活動が引き起こす生物学的現象です。
イヌリンは一般的な食物繊維と比べても腸内細菌による発酵利用率がほぼ100%と極めて高い特性を持っています。善玉菌がイヌリンを一気に分解・消費する際、副産物として水素ガスや炭酸ガス、メタンガスが発生します。普段から腸内環境が乱れていた人や善玉菌のバランスが偏っていた人がいきなり多量のイヌリンを取り込むと、腸内で爆発的なガス生成が起こり、お腹が張っておならが頻発することになります。
また、一度に許容量を超えて摂りすぎると、高濃度の食物繊維が腸管内に水分を強力に引き寄せる「浸透圧性」の作用が働き、軟便や下痢、キリキリとした差し込み痛を誘発します。さらに、過敏性腸症候群（IBS）の素因を持つ人の場合、小腸内で急速に発酵する高FODMAP（フォドマップ）成分としてイヌリンが刺激になり、激しい腹痛を引き起こすケースもあります。
これらを未然に防ぐ黄金律は、「少量から開始し、腸内フローラを徐々に慣らす」ことです。初日から大さじ1杯（約10g）などを摂取するのではなく、最初は小さじ半分（1〜2g程度）からスタートし、1〜2週間かけて体を慣らしていくアプローチをとれば、不快なガス溜まりや腹痛は大幅に軽減されます。
