中の坊 瑞苑の宿泊料金は、平日スタンダード客室（1泊2食付き・2名1室利用時）でおおむね1名あたり約50,000円〜75,000円前後、露天風呂付き特別室では100,000円を超える価格設定となっています。
最安値で確実に予約するためのポイントは、「公式サイトのベストレートプラン」と「一休.comなどのポイント即時利用」の比較です。一休.comでは、タイムセールや会員ランク限定の割引クーポンが発行される時期があり、即時ポイント利用を組み合わせることで実質価格を抑えられるケースがあります。
また、紅葉シーズン（11月）や年末年始、桜の季節（4月上旬）は数カ月前から満室となるため、3〜4カ月前の早期予約が鉄則です。平日やオフシーズンを狙うことで、上質な客室を比較的リーズナブルに確保することが可能です。
