圧倒的なコストパフォーマンスを誇る新幹線ホテルパックだが、通常の新幹線きっぷとは異なる「特別企画乗車券（旅行商品）」特有のルールが存在する。ここを誤認していると、万が一の際に大きな損失を被ることになる。
最大の注意点は「乗り遅れ時の救済措置」の制限だ。通常の指定席特急券であれば、乗り遅れた場合でも当日の後続列車の自由席に乗車できる特例がある。しかし、新幹線パックに組み込まれている専用乗車票は「指定された列車に限り有効」という厳しい縛りがあるケースが多く、乗り遅れた瞬間に乗車券・特急券ともに全額無効となり、買い直しを余儀なくされるプランが少なくない（※一部の後続列車自由席乗車を認める例外プランを除く）。
また、キャンセル料の発生タイミングにも留意したい。通常のJRきっぷは出発直前でも数百円の手数料で払い戻しが可能だが、旅行商品である新幹線パックは、一般的に「出発日の20日前（日帰りや特定プランは10日前など）」から旅行契約に基づく取消料が発生する。スケジュールの変動が予想される場合は、キャンセル規定の発生日を綿密に確認しておくことが不可欠だ。
