私立大学の医療・コメディカル系学部へ進学する際、最大の懸念事項となるのが学費負担です。西九州大学の学費・奨学金事情を把握しておくことは、進路計画において不可欠です。
初年度納付金は学部によって異なりますが、看護学部やリハビリテーション学部でおよそ160万〜180万円程度、健康栄養学部や子ども学部で120万〜140万円程度となっており、全国の私立医療福祉系大学の相場と同等かやや抑えられた設定です。
特筆すべきは、独自の充実した特待生制度です。入試成績優秀者を対象とした授業料全額免除・半額免除制度に加え、佐賀県や近隣自治体、医療法人による「修学資金貸与制度（指定病院での一定期間勤務で返還免除）」を併用する学生が多く存在します。これらの制度を上手に活用することで、国公立大学並み、あるいはそれ以下の実質負担で国家資格を取得して就職することが可能です。
