古代蓮の原点として語り継がれるのが、植物学者・大賀一郎博士（1883-1965）による執念の発掘調査です。1951年（昭和26年）3月、千葉県千葉市検見川の東京大学検見川厚生農場（現・東京大学大学院薬学系研究科附属薬用植物園）の泥炭層から、3粒の蓮の実が掘り出されました。
当時、地元の中学校の生徒や市民ボランティアが泥まみれになりながら発掘作業に従事し、地中約6メートルの深さから奇跡的に発見された種子。大賀博士の手によって発芽育成が試みられ、翌1952年7月18日、見事に淡いピンク色の大輪を咲かせました。米シカゴ大学の放射性炭素年代測定により、この種子が約2000年前（弥生時代）のものであると鑑定されると、米『LIFE』誌をはじめ世界中のメディアが「世界最古の花の復活」として大きく報じました。
一方、埼玉県の行田市でももうひとつのドラマが生まれています。1971年（昭和46年）、清掃工場の建設残土を埋め立てた低湿地において、掘削によって地表近くに押し出された古い地層から、蓮が突如として自然発芽しました。調査の結果、こちらはおよそ1400年〜3000年前の実が自然条件の合致によって眠りから覚めたものと判明。偶然の土木工事が引き金を引いたこの花は「行田蓮」と命名され、現在の「古代蓮の里」へと発展する契機となりました。
なぜ種子は腐らずに生き残れたのか？植物学的な復活理由
数千年の歳月を経てなお生命を維持できた背景には、蓮の種子が持つ驚異的な構造と保存環境があります。植物生理学の知見から判明している理由は主に3点です。
第一に、蓮の実を包む外果皮が極めて強固で緻密な不透水層を形成している点です。水分や空気の浸入を完全に遮断し、内部の胚を外界のバクテリアや分解酵素から強固に保護します。
第二に、種子が埋没していた泥炭層が低温・多湿かつ極度の無酸素状態であった点です。酸化反応や腐敗菌の繁殖が完全に抑制され、細胞の劣化が極小に抑えられました。
第三に、種子の胚内部に微量の抗酸化物質やDNA修復機能が温存されており、水分と温度、日光という発芽条件が整った瞬間に、休眠状態（クリプトビオシスに近い代謝停止）から一気に活性化しました。まさに自然界が偶然生み出したパーフェクトなタイムカプセルだったと言えます。
