山本の現在を語る上で欠かせないのが、2006年の不祥事に伴う芸能界追放と、そこからの復帰の経緯です。当時、レギュラー番組をすべて降板し、吉本興業から契約解除を通告された山本は、表舞台から完全に姿を消すこととなりました。
活動休止期間中、山本は全国の寺院での修行や、宮崎県での日雇い労働、サーフショップの手伝いなど、泥臭く過酷な生活を10年近く続けました。その間も相方の加藤浩次は、自身がMCを務める『スッキリ』などで相方の過ちを厳しく断罪しながらも、「いつかまた極楽とんぼとして舞台に立つ」という約束を決して諦めませんでした。
転機が訪れたのは2015年の単独ライブ開催、そして2016年夏に放送された『めちゃ×2イケてるッ!』の特番でした。番組内で加藤浩次と山本圭壱が取っ組み合いの大喧嘩を演じ、ナインティナインをはじめとするメンバー全員が涙と怒りで山本を迎え入れたシーンは、平成テレビ史に残る伝説の名場面として刻まれています。この放送を機に吉本興業への復帰が正式に決定し、極楽とんぼとしての全国ツアーも実現しました。