長年コミュニティで混同されがちなのが、幻のポケモン違いに関する公式ルール上の線引きです。結論から言えば、ゲーム内での入手アプローチと対戦レギュレーションにおける扱いが根本的に異なります。
伝説ポケモン公式設定における両者の相違点は以下の3点に集約されます。
1つ目は「通常プレイ内での捕獲可能性」です。伝説ポケモンはパッケージやメインストーリー、固定シンボルとしてゲームソフト単体で必ず遭遇・入手できるよう設計されています。対して幻のポケモン（ミュウ、セレビィ、ジラーチ、デオキシス、アルセウス、ダークライ、シェイミ、ビクティニ、ボルケニオン、マーシャドー、ゼラオラ、ザルード、モモワロウなど）は、劇場版映画の特別前売券、公式イベントのシリアルコード、あるいは特定ソフトの連動特典といった「外部配給」が基本となります。
2つ目は「公式レーティング対戦への参加資格」です。ランクバトルにおいて、準伝説は無制限、禁止級伝説は特定の「伝説解禁シーズン」に1〜2体のみ使用可能となりますが、幻のポケモンは原則としてランクマッチへのエントリーが一切認められていません（一部の仲間大会やカジュアルマッチを除く）。
3つ目は「全国図鑑の完成条件」です。歴代タイトルにおける図鑑完成の賞状や「ひかるのおまもり」の授与条件において、幻のポケモンは収集対象から除外される仕様が一貫して維持されています。
