黒の組織を語る上で欠かせないのが、世界各国の諜報機関から送り込まれたNOC（Non-Official Cover：民間偽装の潜入捜査官）の存在です。幹部クラスにスパイが複数潜入している異様な状況が、組織の内部崩壊を予感させます。
【組織に潜入した主要NOC一覧】
・バーボン（安室透 / 本名：降谷零）：警察庁警備局警備企画課（通称「ゼロ」）所属。抜群の情報収集能力と洞察力で組織内での信頼を勝ち取りつつ、日本を守るために組織の壊滅を目論む。
・ライ（諸星大 / 本名：赤井秀一）：FBI所属。高い狙撃能力と知略で幹部「ライ」のコードネームを得るも、同僚スパイのミスにより正体が発覚して脱退。現在は「沖矢昴」として身を潜め組織を追う。
・キール（水無怜奈 / 本名：本堂瑛海）：CIA所属。父であるイーサン・本堂の命懸けの偽装工作により組織の疑の目を逃れ、アナウンサーから復帰して今も危険な二重生活を継続中。
・スコッチ（本名：諸伏景光）：警視庁公安部所属。降谷零の幼馴染であり親友。スパイであることが露見した際、家族や仲間を守るため赤井秀一の前で自決。
特に赤井秀一と降谷零の確執は、スコッチの死の真相をめぐるすれ違いから生まれ、コナンが間に入ることで徐々に共闘態勢へとシフトしています。世界最強の諜報機関が組織内部で鎬を削る構図は、組織編最大のサスペンス要素です。
