飛水峡の見どころの筆頭に挙げられるのが、1967年に国の天然記念物に指定された飛水峡甌穴群です。甌穴（ポットホール）とは、川底の岩盤のくぼみに侵入した小石が、水流の渦によって長い年月をかけて自転しながら岩盤を円筒状に深く削り取ってできる浸食地形を指します。
飛水峡では、川の両岸および水面下に数千個規模の甌穴が確認されており、単一の河谷における集積度としては世界屈指の規模を誇ります。直径数センチメートルの小規模なものから、深さ数メートルにおよぶ巨大な窪みまでが無数に点在し、激流が彫り込んだ岩の彫刻群は壮絶な迫力です。飛水峡の絶景展望台から見下ろすと、碧緑の深淵と荒削りな白色チャートのコントラストが際立ち、自然の営為が刻んだ悠久のタイムスケールに圧倒されます。
また、峡谷を彩る四季の移ろいも見逃せません。新緑の5月には岩肌に自生するヒカゲツツジやイワツツジが可憐な花を咲かせ、秋の深まりとともに紅葉が見頃を迎えます。飛水峡における紅葉の最盛期は、例年11月上旬から11月下旬にかけてです。常緑樹の濃緑、紅葉の赤や黄、そしてエメラルドグリーンの川面が岩肌をキャンバスに織りなす三位一体の景観美は、岐阜県下でも指折りのシャッターポイントとして知られています。
