私立進学校を検討する家庭にとって、学費面の負担は重要な検討要素です。智弁学園の初年度納付金は、入学金、授業料、施設設備費などを合算して約95万円〜110万円前後が標準的な目安となります。
2年次以降の年間学費は約70万円〜85万円程度で推移します。これに加えて、修学旅行積立金、制服代、教材費、スクールバス利用料（利用地域による）などの諸経費が別途必要となります。
なお、経済的支援制度として「高等学校等就学支援金制度」の対象となるほか、学業成績が極めて優秀な生徒を対象とした特待生制度（授業料免除等）も整備されています。成績上位で入学した生徒には相応の学費減免措置が適用されるため、特待を狙って受験する上位層も少なくありません。
