東海道線・上野東京ライン・湘南新宿ラインを走る一般車両には、主に「E231系近郊形」と「E233系3000番台」の2種類が運用されています。外観の湘南色（オレンジと緑の帯）は共通していますが、車内トイレの設備構造には運用上の大きな差が存在します。
最大の違いは、「6号車にトイレが存在するかどうか」です。後から導入されたE233系では、基本編成の利便性向上のため6号車にも普通車用トイレが新設されました。一方で、初期から走るE231系の6号車にはトイレが設置されていません。
日々の運行ではE231系とE233系が共通運用されており、両形式が併結（例：基本10両がE231系＋付属5両がE233系など）されて走ることも日常茶飯事です。そのため、「以前乗ったときは6号車にトイレがあったから大丈夫」と思い込んで駆け込むと、乗った編成がE231系でトイレが見当たらず絶望する、という事態が起こり得ます。確実にトイレを確保したいのであれば、形式に関わらず必ず設置されている1号車または11号車を目指すのが鉄則です。
なお、車内トイレの衛生環境については、かつて存在した和式便器の改修工事がJR東日本管内で完了しており、現在はすべて洋式便座へ統一されています。1号車および11号車には、車椅子対応の回転半径を確保した大型円弧状ドアの多機能トイレが採用されており、おむつ交換台やベビーキープも標準装備されています。
