京都の凶報を知った平清盛は、冷静沈着でした。すぐさま引き返して六波羅の屋敷に入ると、信頼と義朝に対して恭順の姿勢を示す偽装工作を展開。敵を油断させた隙に、女装させた二条天皇を六波羅へ脱出させ、後白河上皇も仁和寺へ逃がすことに成功します。
天皇と上皇を手中に収めた清盛は「官軍（正統な軍）」となり、逆に信頼と義朝は「朝敵（反乱軍）」へと転落しました。大義名分を得た清盛は、嫡男の平重盛や弟の頼盛らを率いて六条河原で義朝軍と激突。激戦の末に源氏軍は総崩れとなりました。
敗れた藤原信頼は捕らえられて斬首。東国へ落ち延びようとした源義朝は、尾張国（愛知県）で信頼していた家臣・長田忠致の裏切りに遭い、入浴中に暗殺されるという悲惨な最期を遂げました。義朝の嫡男・源頼朝も捕縛されますが、清盛の継母である池禅尼の命がけの嘆願により死刑を免れ、伊豆国へ流罪となりました。この処置が、のちに平氏を滅ぼす遠因となります。
ライバルである源氏を壊滅させ、朝廷内で確固たる軍事力を確立した平清盛は、武士として初めて太政大臣にまで登り詰め、「平氏政権」を誕生させることになります。
