参拝の記念としていただく御朱印も、愛好家の間で高い関心を集めています。葛城一言主神社では、中央に力強く「一言主神社」と墨書され、神紋が押印された風格ある通常御朱印が通年で授与されています。
さらに、彼岸花が開花する秋季などには、可憐な彼岸花のスタンプや限定のあしらいが施された特別な御朱印が登場することもあり、これを目当てに訪れる参拝者も少なくありません。初穂料は通常300円〜500円程度で、拝殿横の社務所にて受け付けています。なお、秋の開花期や正月期間は窓口が混み合うため、時間に余裕を持って参拝するのが賢明です。