シソ栽培における代表的な失敗例として知られるのが、青ジソと赤ジソの「交雑問題」です。色合いの異なる2種類を並べて育てると、ミツバチなどの訪花昆虫によって容易に花粉が交じり合います。
交雑した初年度の葉に大きな変化は見られませんが、問題はその花から落ちた種が発芽する「2世代目以降」です。交雑したこぼれ種から育ったシソは、「表が緑で裏が紫」「斑点状に色が抜けた汚い見た目」になり、シソ特有の爽快な芳香（ペリルアルデヒド）が激減します。そればかりか、葉の繊維がゴワゴワと硬くなり、食用には適さない「ただの苦い草」に劣化してしまうのです。
一度交雑が始まると、周囲に落ちる種もすべて劣化した遺伝子を引き継ぐため、純粋な青ジソを復活させることが難しくなります。青ジソと赤ジソを両方育てたい場合は、互いの距離を最低でも数十メートル以上離すか、開花時期をずらして交雑を物理的に遮断しなければなりません。
