結論から申し上げますと、現在のpixivメッセージ機能における公式仕様では、一度送信したメッセージの「送信取り消し」機能は実装されていません。多くのSNSで導入されているような、相手側のチャットルームから送信済みの吹き出しそのものを消去するシステムは用意されていないのが現状です。
画面上に表示される「削除」や「スレッドの非表示」という操作は、あくまで自分のアカウントの管理画面から履歴を見えなくする処理に過ぎません。そのため、「pixivでメッセージを削除したのに、相手側から消えない」と焦るユーザーが後を絶たない背景には、このUIと機能設計のギャップがあります。