豚肉の低温調理において、最も重要かつ慎重になるべき要素が「食品安全基準を満たす温度と時間」です。豚肉には食中毒のリスク（サルモネラ属菌やカンピロバクター、E型肝炎ウイルスなど）が存在するため、中心部までしっかりと加熱殺菌を行う必要があります。
厚生労働省の基準では「中心温度63℃で30分間以上、またはこれと同等以上の加熱」が求められています。家庭で豚肉のコンフィを調理する場合のベストバランスは、設定温度63℃・加熱時間3時間〜4時間（肉の厚みが3〜5cm程度の場合）です。この設定であれば、安全性と柔らかさ・ジューシーさの極致を両立できます。
低温調理器（BONIQなど）を使用する場合は、耐熱温度に対応したフリーザーバッグに豚肉、塩、ハーブ、少量のオリーブオイルを入れ、水圧を利用して空気をしっかり抜いて密閉します。63℃にセットした湯煎に浸すだけで、ブレのない安定した仕上がりが約束されます。
専用の低温調理器がない場合は、オーブンや鍋の湯煎でも代用可能です。オーブン調理の場合は、耐熱鍋やバットに肉を並べてオリーブオイルを肉が浸るまで注ぎ、100℃〜120℃の低温に予熱したオーブンで90分〜120分じっくり火を通します。湯煎で行う場合は、厚手のホーロー鍋などにたっぷりのお湯を沸かし、火を止めて65℃前後を保てるよう差し水や弱火で微調整しながら保温調理を行います。
