長年の歴史を持つ大手紙である以上、過去のトラブルや報道姿勢に関する議論から目を背けることはできません。検索エンジンで「毎日新聞 誤報 真相」が調べられる背景には、インターネット初期の英文サイト問題（WaiWai問題）や、過去の取材過程における誤認報道の記憶が残っている点があります。
当時の騒動では、ずさんなチェック体制やネット空間への配慮不足が批判を浴び、経営陣の刷新や外部有識者による検証委員会の立ち上げに至りました。公の場で責任者が深々と頭を下げ、検証記事で経緯を詳細に公表した姿勢は、現在の大手メディアのコンプライアンス体制の礎となっています。
現在の毎日新聞では、ファクトチェック専門部署の設置やデジタル記事の修正履歴の明記など、報道倫理を担保するための厳格なガイドラインが運用されています。SNSや掲示板などで見られる毎日新聞 ネットの反応を分析すると、過去の印象から批判的な論調を展開する層が存在する一方で、現場記者の地道な事実確認に基づいた検証記事に対しては「誤りを隠さず迅速に訂正する姿勢が評価できる」「一次ソースの裏付けが最も堅実」といった肯定的な評価も定着しています。
