三輪神社が全国的な知名度を誇るもうひとつの決定打が、意匠を凝らしたアート御朱印です。宮司自らが筆を執り、愛らしいうさぎのスタンプや色鮮やかなパステルカラーの背景を配した御朱印は、毎月デザインが刷新されます。
季節の行事（節分、桜まつり、七夕、お月見など）をテーマにした限定デザインに加え、猫の日や特別な祭事の際には見開きタイプや切り絵タイプの御朱印も登場します。その繊細さと温もりあふれるタッチは、御朱印コレクターの間でも「手に入れたい至高の1枚」として絶大な評価を得ています。
御朱印巡りを始めるにあたって見逃せないのが、三輪神社の限定御朱印帳の種類です。上品な西陣織で作られたうさぎ柄の御朱印帳や、パステルカラーの友禅紙を用いたもの、夜空に浮かぶ満月とうさぎをあしらったシックな黒地の一冊など、多種多様なデザインがラインナップされています。初回参拝の記念として、お気に入りの一冊を手に入れてから御朱印を拝受する参拝者が目立ちます。
