劇場の公式発表資料および施設スペック表に基づくと、TOHOシネマズ新宿スクリーン5の総座席数は228席(うち車椅子席2席)で構成されています。巨大なTCXスクリーン(スクリーン9)やIMAX(スクリーン7)とは異なり、中型シアターならではの程よい距離感と音響の凝縮感が持ち味です。
座席配置はA列からL列までの計12列で構成され、横列は原則として1番から20番までの最大20席が横並びに展開しています。中央に通路は存在せず、左右両端(1〜2番の外側、および19〜20番の外側)に通路が配備されているレイアウトです。そのため、上映中の出入りを気にせず映画の世界に没頭できる反面、中央席に座った場合は上映途中の入退場に若干の気遣いが求められます。
劇場全体の設計としては、床面に適度な勾配がつけられたスタジアムシートを採用。スクリーンの設置位置は高すぎず低すぎない中段配置となっており、どの位置に座っても極端な破綻が起きにくい設計思想が貫かれています。