離婚後、伊藤エミさんはマスコミからの度重なる取材依頼や手記出版の打診をすべて断り続けました。妹のユミさんとともに静かに暮らし、愛犬の散歩やガーデニングを楽しむ穏やかな日常を送っていたと近隣住民によって証言されています。
しかし、晩年は過酷な健康問題に直面することとなりました。エミさんはがん（肺がん）を患い、長きにわたる闘病生活を余儀なくされます。病に侵されながらも周囲に弱音を吐くことはなく、家族だけに看取られながら、2012年6月15日、71歳でこの世を去りました。
訃報は密葬が滞りなく執り行われた後に公表され、最期まで世間の耳目を集めることを避けた潔い旅立ちでした。エミさんの遺骨は、愛知県内にある伊藤家の菩提寺およびゆかりの深い墓所に手厚く納骨されています。また、姉を深く慕い、その4年後の2016年に亡くなった妹のユミさんもまた、同じ場所で安らかな眠りについています。
