福岡アンパンマンミュージアムの最大のハイライトは、開放感あふれるガラス屋根のアトリウム「ウッドステージ」で開催される参加型ステージショーです。ショースケジュールは日によって異なるため、当日の朝に公式サイトのイベントスケジュールを必ず確認することが欠かせません。
ステージ前方でキャラクターと触れ合いながら鑑賞するには、ショー開始の約20〜30分前からの場所取り（レジャーシート等の規定遵守）が目安となります。おすすめのモデルコースとしては、10:00の開館と同時に入場して「ジャムおじさんのパン工場」を確保し、午前中のメインステージを鑑賞。その後、再入場ルールを使ってモール内でランチ休憩を取り、午後の比較的落ち着いた時間帯（14:00以降）にミュージアム内の遊具やバイキンひみつ基地で思い切り身体を動かすスケジュールが、子どもの体力管理の観点からも最も理にかなっています。
