乗車時のスムーズな決済やコスト管理には、宮交バスの運賃システムを正しく理解しておく必要があります。運賃は基本的に「対キロ区間制（初乗り運賃から距離に応じて加算）」を採用しており、乗車時に整理券を取り、降車時に運賃箱のディスプレイに表示された金額を支払う後払い方式です。
乗車時の支払いに関して最も利便性が高いのが、宮交バスnimoca・交通系ICカード対応です。宮崎交通では交通系ICカード「nimoca」を導入しており、全国相互利用に対応しているため、Suica・PASMO・ICOCA・SUGOCA・TOICA・manaca・Kitaca・はやかけんなどの主要ICカードがそのままタッチ＆ゴーで利用できます。乗車時にドア横のリーダーにタッチし、降車時にも運賃箱上のリーダーにタッチするだけで自動精算が完了します。
なお、車内でのICカード現金チャージは1,000円札のみの対応となっているケースが多いため、乗車前に駅の券売機やコンビニエンスストアであらかじめ十分な残高をチャージしておくのが現場での鉄則です。
通勤・通学で日常的に利用する県民に向けては、宮崎交通バス定期券が提供されています。一般的な通勤定期・通学定期に加えて、指定エリア内が乗り放題になる定額パスやシニア向けフリーパスなど、利用頻度や年齢層に合わせた多様な券種が窓口および一部の自動券売機・WEBサービスで発行されています。
